Agosto 2002
 - Circola una prima bozza di riforma degli Enti Pubblici di Ricerca del ministro Moratti.

Gennaio 2003
 - Lettera dei Ricercatori INOA di controproposta relativamente alla proposta di riforma del Ministro Moratti, ignorata.

Febbraio 2003
 - Risoluzione del Consiglio Comunale di Firenze, in difesa dell’autonomia dell’INOA, ignorata.

Giugno 2003
 - La legge n. 127 del 06-06-03 decreta la soppressione dell’INOA ed il suo accorpamento al CNR. Il nome di Istituto Nazionale di Ottica Applicata, secondo la 127/03, dovrebbe essere mantenuto.

Luglio 2003
 - Il CNR è commissariato sotto Antonio De Maio.

Marzo 2004
 - Ultima riunione del Comitato di Consulenza Scientifica INOA con il Commissario De Maio.

Luglio 2004
 - Fabio Pistella viene nominato Presidente del CNR.

Giugno 2005
 - Entrano in vigore i nuovi regolamenti CNR. Da questo momento l’INOA termina a tutti gli effetti di essere un Istituto e diventa prima un Centro di Responsabilità  e poi un Centro di Attività Scientifica di Primo livello, qualsiasi cosa ciò voglia dire.

Ottobre 2006
 - Dopo tre anni dal Decreto Moratti, e contravvenendo alle indicazioni ivi contenute, l’INOA non è ancora un Istituto. Non ha un Direttore. Non ha organi di gestione. L’attività scientifica continua, nonostante il CNR, per la buona volontà dei suoi ricercatori, del suo personale tecnico e amministrativo e del suo Responsabile da tre anni, ex-ricercatore INOA ora in pensione, Carlo Castellini.

L’INOA rischia oggi di scomparire, asfissiato dalla non-amministrazione del CNR. L’Istituto ha un bilancio in pareggio, produce attività per circa 10 milioni di Euro l’anno, dei quali la metà in autofinanziamento, percentuale tra le più alte di tutto il sistema della ricerca in Italia. Il tasso di crescita è fortemente positivo e ha una delle età medie del personale più basse del comparto.